La denominazione dell'attuale cittadina è recente, attribuita solo nel 1938, con riferimento ad Achates, nome che gli antichi Romani avevano dato al fiume Dirillo, sembra per ricordare il fido amico di Enea. Tuttavia alcuni studiosi sostengono che il termine deriva più verosimilmente dal nome della pietra dura agata, che in passato era possibile reperire lungo le rive dello stesso fiume.

La denominazione storica, con la quale troviamo questo Centro nei documenti antichi, è quella di Biscari. Un casale così chiamato pare esistesse già in età greca. Precisa Vito Amico che, sotto il regno di re Martino, nel medesimo territorio sorgeva Odegrillo (o Dirillo), un piccolo villaggio che apparteneva alla giurisdizione del Contado di Modica. Tra i ruderi di Odegrillo e gli edifici di Biscari "s'impone una distanza". Infatti il nucleo originario del Centro urbano (ovvero di Biscari) risale verso il finire del secolo XV.

Antonio Beneventano ha il territorio in feudo sotto gli Aragonesi, dal quale passa alla famiglia Lamia, nobili di Lentini. Quando Ruggero di Lamia si ribella al re Martino, viene privato dei beni, che vengono concessi a Giacomo Serra, cavaliere siracusano, il quale muore senza eredi, cosicchè il feudo viene assegnato ancora una volta nel 1396 a Niccolò Castagna. Questi lo vende a Matteo Mazzone, con la conferma del re Martino nel 1408, e costui a Bernardo di Cabrera, Conte di Modica. Dopo una lite con il catanese Antonio de Castellis, che rivendica i diritti della madre, Costanza di Lamia, il feudo torna ai successori ereditari della Famiglia di origine. Con la famiglia catanese dei Castellis, successivamente imparentata con quella dei Patemò, ha inizio un lungo periodo di splendore per la cittadina di Biscari. Viene insignita degli onori di Principato.

Il Centro è gravemente danneggiato dal terremoto del 1693, ma riprende a crescere. I principi Paternò-CastelIo mantengono il feudo di Biscari fino ai primi dell'Ottocento, quando viene sancita la soppressione del feudo nell'intera Sicilia.